Нацуме Такаші та його дух-супутник Мадара на прізвисько "Нянко" продовжують повертати імена духів із Книги друзів, яку дала їм його покійна бабуся Нацуме Рейко. Одного разу, повертаючись зі школи, Такаші зустрічає примарного духа на ім'я Моммомбу, який, почувши його ім'я, пригадує спогади про бабусю Такаші. Природна цікавість Такаші спонукає його дослідити таємниче містечко, де колись жила його бабуся. Потоваришувавши зі своїми давніми знайомими Цумурою Йоріє та сином Йоріє, Мукуо, Такаші дізнається більше про минуле своєї бабусі. Тим часом Нянко шукає їжу в обхід і натрапляє на підозріле "насіння духу", яке за ніч дивовижним чином проростає у фруктове дерево. Піддавшись спокусі, Нянко споживає плід, розколовши його на три частини. Шукаючи вихід зі скрутного становища Нянко, Такаші та його друзі простягають йому руку допомоги, несподівано розкриваючи в процесі ще більше таємниць, які зберігає місто.