Далеке майбутнє, 5012 рік. Раптове повітряне вторгнення на Землю ＜прибульців＞ та їхніх творінь ＜машинних форм життя＞ привело людство до межі вимирання. Вцілілі знайшли притулок на Місяці і організували контратаку за допомогою солдатів ＜андроїдів＞, щоб відбити Землю. Однак війна заходить у глухий кут, оскільки ＜Машинні форми життя＞ продовжують нескінченно розмножуватися. У свою чергу, людство розгортає новий підрозділ андроїдних солдатів як найкращу зброю: ＜YoRHa＞. Нещодавно відправлена на Землю ＜2B＞ приєднується до ＜9S＞ сканера, який зараз там працює, і під час своєї місії вони стикаються з безліччю таємничих явищ...