Велетенський корабель «Сідонія» блукає у космосі в пошуках нового дому для людства. Від монстрів під назвою ґауна корабель охороняють пілоти Хранителів, які зазнають великих втрат та повільно програють війну. Танікадзе Наґате, колишній курсант, тепер в числі найкращих пілотів «Сідонії». Після того, як ледве вдалося уникнути зіткнення з астероїдом, керованим ґаунами, «Сідонія» бере курс на дев’яту планету системи Лем з метою знищити скупчення ґаун.