Дія другого сезону відбувається відразу після першого, після літніх канікул в останньому семестрі середньої школи Томої.
Томоя зізнався Наґісі в коханні, і тепер вони почали спільне життя. Але як немає світла без тіні, так немає щастя без смутку. Попереду героїв чекають важкі випробування і потрясіння...